內毒素在腸道由粘膜上皮吸收后，進入門脈血流，此時的“門脈內毒素血癥"被認為是一種“正常"生理狀態。這是因為肝臟單核巨噬細胞系統，主要是Kuffer細胞對內毒素有強大的清除能力，不至于造成循環內毒素血癥。在肝臟，Kuffer細胞以胞飲的形式攝取內毒素，通過濃縮脂多糖分子的類脂含量和縮短О-抗原的長度而修飾內毒素，然后交給肝細胞進一步解毒。重度肝病時在肝實質細胞損害的同時也伴有Kuffer細胞的嚴重損害；肝硬化時，雖然Kuffer細胞的形態無顯著改變，但其數目卻明顯減少，結果：大量內毒素在肝臟未經解毒溢入體循環。研究表明，肝硬化患者肝靜脈內脂多糖水平（73±110pg/ml）顯著高于外周靜脈（31±58pg/ml，P<0.01），提示肝臟確實不能有效地清除門靜脈內的內毒素。

自發性或手術后肝內外門體側支循環是腸源性有毒物質進入體循環的重要途徑，急慢性肝病時常伴有不同程度的門脈高壓，病人可出現不同程度的門體分流，此時，來自腸道的內毒素繞過肝臟，未經滅活解毒，涌人體循環，形成內毒素血癥。研究表明，外科門體分流術后病人外周血內毒素水平（82±150pg/ml）顯著高于未行門體分流者（31±58pg/ml，P<0.001），肝硬化患者伴有靜脈曲張者，血清抗脂多糖IgG抗體顯著高于不伴靜脈曲張者，而且該抗體與經直腸門脈分流指數呈現顯著正相關性（r=0.431，P<0.001）。